فعالیت های پژوهشی پایگاه در قالب موارد زیر دنبال می شود:

• ارائه مشاوره های فنی و تخصصی به وزارت بهداشت، دانشگاهیان و محققان کشور و سایر کشورها در حوزه بیماری های عفونی نوپدید و بازپدید
• پاسخ‏گویی مناسب به نیازهای کارشناسان ذی ربط در حوزه مراقبت، پایش و تشخیص بیماری های عفونی نوپدید و بازپدید در سطح کشور و بین الملل
• توسعه و بکارگیری علوم مرتبط با بیماری های عفونی نوپدید و بازپدید
•  انجام پژوهشهای اپیدمیولوژیک و بالینی در حوزه بیماری های عفونی نوپدید و بازپدید 
•  جمع آوری، تنظیم و طبقه بندی اسناد، مقالات و مدارک مرتبط با حوزه بیماری های عفونی نوپدید و بازپدید و انتشار آنها
• تدوین و همکاری در اجرای طرح‌های پژوهشی (سازمانی، ملی، منطقه ای و بین المللی)
• همکاری با سایر مراکز علمی و تحقیقاتی در داخل و خارج از کشور برای توسعه فعالیت ها و انجام طرح های مشترک بالاخص با مرکز مدیریت بیماری های واگیر.
• تعاملات علمی با مراکز معتبر خارج از کشور برای توسعه فعالیت ها